決算書に基づいて行われる税務調査とは、
選択の基準がはっきりしているわけではありませんが、
①事業を立ち上げて、3期（3年）が過ぎ
②　売上を順調に伸ばしている法人や個人に初めて調査が入り、そのとき不正や、グレーな部分が見つかった場合などは3年ごとに来る、というケースが多いようです。
その他、業態変更をしたり、売上や利益が急上昇した会社、勢いのある業界も目をつけられやすいです。

税務調査の時期はとくに決まっていませんが、3月決算の会社が多い関係で9月に多く行なわれます。いずれにせよ、いわゆる“マルサ”（国税局査察課部門）が関わるような強制調査は別として、抜き打ちで行われるケースはほぼありません。
調査に入る前に、納税者あるいは関与税理士に電話連絡が入り、日程を相談し当日を迎えることになります。

税務調査の対策としては、日ごろから帳簿や伝票類をしっかりと管理してきれいな決算を作っておかねばなりません。